بیوانفورماتیک علم استخراج دانش از منابع داده ای بیولوژیكی به كمك آنالیزهای كامپیوتری است از آنجا كه منابع اطلاعاتی موجود در بیوانفورماتیک همراه با عدم قطعیت همراه است.معمولاً اطلاعات آن خام و بعضاً نادقیق بوده است از این رو كنترل فازی روش مؤثر جهت مقابله با عدم قطعیتها و رسیدن به اطلاعات كاملتر ودقیق تر در اختیار قرار می دهد. در نتیجه به كمك روش فازی به مدل سازی این عدم قطعیت ها پرداخته و یک پیشگویی دقیق تر ارائه خواهد شد.
فصل اول
كلیات
1-1) هدف
رشد انفجاری اطلاعات بیولوژیكی نیازمند استفاده از تكنیكهای محاسباتی به منظور نگهداری، سازماندهی و آنالیز ا ین اطلاعات می باشد. نیاز به استخراج دانش از میان انبوه اطلاعات خام شیوه های جدید كامپیوتری را طلب می كند در این میان پیش گویی ساختار پروتئین ها یكی از چالش های اساسی بیولوژیكی ملكولی می باشد.
مسأله پیشگویی ساختار پروتئین ها در علوم داروسازی و برای طراحی دا روهای جدید حائز اهمیت بوده است و از صرف گزافی كه برای تعیین ساختار پروتئین ها با روش های تجربی هزینه می گردد جلوگیری می كند در داروسازی برای طراحی داروهای مختلف هزاران ماكرو ملكول مختلف مورد آزمون قرار می گیرد كه تعیین ساختار همة آنها كاری غیر عملی و بسیار هزینه بر می باشد لذا پیشرفت در زمینة پیش گویی ساختار پروتئین ها راه را برای طراحی داروهای جدید هموار می سازد و هزینه های تحقیقاتی را صدها برابر كاهش می دهد. با توجه به سرمایه گذاری اخیر در صنایع داروسازی در كشور اهمیت این مساله در جهت پیشبرد این دانش و فن اوری غیر قابل انكار می نماید هدف این تحقیق طراحی و پیاده سازی الگوریتم جدید بر اساس منطق فازی جهت پیشگویی و بدست آوردن میزان شباهت بین دو رشته پروتئینی است كه این كار در پیشگویی رفتار یک پروتئین ناشناخته كه تعیین توالی شده است ولی هنوز تعیین ساختار نشده است و همچنین در بدست آوردن ساختارهای دوم و سوم و چهارم و كمك به كاهش عدم قطعیت آنها می تواند بسیار موثر باشد همچنین پروتئین ناشناخته ای كه بالاترین میزان شباهت را با یک پروتئین شناخته شده دارد در بسیاری از كاربردها خواص عملكردی مشابه پروتئینی شناخته دارد.
2-1) پیشینه تحقیق
تا كنون در جهان رویكردهای مختلفی و الگوریتم های متعددی جهت پیشگویی هرچه دقیق تر ساختار پروتئین ها ارائه شده است و در طول تقریباً 20 سال گذشته این رویكردها موفق به بهبود حدوداً 20 درصدی دقت پیشگویی شده اند سه راهكار اصلی برای پیشگویی ساختار پروتئین ها مطرح می باشد كه مبین بر روش های چو ضمن – گور، شبكه عصبی و نزدیكترین همسایگی می باشد . هدف از این سمینار بالا بردن میزان اطمینان و در نتیجه بهبود پیشگویی به كمك بدست آوردن بیشترین شباهت بین پروتئینها است
این روش می تواند به عنوان یک عامل كمكی هم راه با روش های فوق الذكر به پیشگویی ساختار یا عملكرد بهتر (توسط یكی از روش های فیوژن یا تركیب اطلاعات) منجر گردد.
